秸秆发酵有机肥是农业生产重要的有机肥源。但是发酵纯秸秆类做有机肥，需要注意一个碳氮比的问题。一般秸秆类发酵有机肥碳素过高，不利于发酵，即使发酵完成，所生产的有机肥仍然碳氮比过高，如果施于农田，则可能产生土壤中的微生物与农作物争夺氮素的现象，造成农作物幼苗生长不好的缺点，例如麦苗会因缺氮而黄化、瘦弱，生长不良。
碳氮比的解决方法：在每立方米秸秆中加入3-5公斤尿素一起发酵，尿素先溶解于水中加入；或加入5公斤普钙；或者加入50公斤一周内的动物粪尿都可以达到很好的调节碳氮比的效果，再加入微生物生物菌肥发酵剂；即每吨秸秆加入3-5公斤左右的尿素或者5-10公斤普钙或者是100公斤左右的粪便。
操作方法：一瓶益富源秸秆腐熟剂可发酵处理5吨左右秸秆类物料。
1、首先把秸秆腐熟剂和5公斤米糠（或玉米粉、麦麸、薯粉、麦粉、谷粉等）混合，制成菌剂混合物备用，目的是便于搅拌均匀。
2 、秸秆类不容易搅拌，建议采取铺一层撒一层的方法，铺一层秸秆混合物，放一层菌剂混合物，再淋水湿透，再洒上普钙或尿素或一周内的粪尿（也可将这些无机肥事先溶解到水中洒入），简单耙拌一下，含水量调制70%左右。
3、如此反复操作，直到铺完全部原料为止；简单薄膜覆盖上层，一般48小时温度上升到70℃并持续较长时间，第3～10天松料和适量加水一次。
4、进行简单切碎的物料一般6～15天左右完成，未切碎的物料需要20～25天完成发酵，但建议如玉米秸秆、木薯杆等较粗的材料进行10厘米左右的切碎后发酵。防雨方法同上。
5、如果是田间秸秆的凼沤发酵，不同于堆肥，对于疏松程度，含水量等要求相对比较粗放，尽量保证物料相对疏松，含水量控制在60%左右即可沤制生物有机肥。
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